Ukončené granty:

  • Biofyzikální studie membránového transportního proteinu MntH (Proton-dependent Manganese Transporter) bakterie E. coli z rodiny SLC11 (SoLute Carrier 11) a jeho vybraných transmembránových segmentů

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: GAUK 701512
    Hlavní řešitel: Mgr. Iva Jančíková, Ph.D.
    Spoluřešitelé: RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D.

    Annotace grantu

    Rodina SLC11 (nebo Nramp) zahrnuje membránové proteiny, sekundárně aktivní transportéry, které zprostředkovávají přenos dvojmocných kovových iontů spolu s protony do buňky. Proteiny z této rodiny jsou také spojovány s imunitní odpovědí některých organismů při infekci intracelulárními parazity. Přesný mechanismus transportu těmito proteiny nebyl dosud zcela objasněn. Protein MntH vzhledem ke své strukturní a funkční homologii s eukaryotními proteiny představuje vhodný model pro studium funkce celé rodiny SLC11. Navíc bylo zjištěno, že peptidy odpovídající svojí sekvencí některým transmembránovým segmentům (TMS) proteinu MntH jsou schopny v modelové membráně asociovat a vytvořit iontový kanál. Fluorescenční spektroskopie poskytuje vhodný nástroj jak ke studiu transportu celého proteinu MntH in vivo, tak ke sledování chování syntetických peptidů v modelových membránách. Využitím metody kombinace fluorescenční a hmotnostní spektroskopie je možné stanovit stechiometrii transportu dvojmocných kovových iontů a protonů prokaryotním proteinem MntH. Pomocí fluorescence můžeme sledovat vliv vnějších podmínek na stechiometrii transportu a studovat interakce proteinu MntH s dalšími ionty (např. Ca2+). V kontextu těchto výsledků může množství informací poskytnout studium chování syntetických peptidů (odpovídajících TMS3 a TMS6) v modelových membránách liposomů, specifity jimi tvořených kanálů i jejich interakce s dalšími ionty. K tomuto účelu budou vyvinuty a optimalizovány postupy měření s využitím fluorescenčních sond s vhodnými vlastnostmi.

  • Biofyzikální studie membránových transportních proteinů MntH: vztah struktury a funkce

    Grantová agentura: GAČR
    Identifikační číslo grantu: GACR 204/07/0558
    Hlavní řešitel: RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D.

    Annotace grantu

    Projekt je zaměřen na studium bakteriálních transportérů dvojmocných kovových iontů z rodiny Nramp/MntH patřících mezi sekundárně aktivní membránové transportní proteiny závislé na protonovém gradientu. Přestože jsou tyto proteiny, které hrají klíčovou roli v různých fyziologických procesech včetně interakce makrofág-patogen, přítomné prakticky ve všech organismech, není mechanismus transportu znám. Návrh počítá s prohloubením znalostí o vztahu struktury a funkce prostřednictvím studia vlivu klíčových reziduí na funkci membránových transportérů MntH in vivo, in vitro (membránové vesikuly a proteoliposomy) a v modelovém systému peptid-membrána. Tento model umožňuje doplnit poznatky získané funkčními testy informacemi o struktuře a sbalení transmembránových segmentů a eventuálně některými funkčními detaily.

  • Study of transmembrane transport of divalent metal ions in bacteri

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: GAUK 221/2006/B-FYZ/
    Hlavní řešitel: RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D.

    Annotace grantu

    není k dispozici

  • Funkční charakterizace bakteriálních transportérů manganu závislých na protonovém gradientu (MntH) pomocí fluorescenčních metod

    Grantová agentura: MŠMT
    Identifikační číslo grantu: MSMT 1K04019
    Hlavní řešitel: doc. RNDr. Dana Gášková, CSc.
    Spoluřešitelé: RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D.

    Annotace grantu

    Jelikož rodina transportérů dvojmocných kovových iontů Nramp přispívá k rezistenci hostitele, zdá se, že funkční bakteriální homology Nramp (MntH) získané horizontálním genovým přenosem mohou být důležité v procesu patogeneze. Hlavním cílem předkládaného projektu je další vývoj a optimalizace citlivých fluorescenčních technik umožňujících studium transportu transportéry manganu závislými na protonovém gradientu (MntH) v živých bakteriích. Budeme studovat změny intracelulární koncentrace protonů a kovového substrátu vyvolané funkcí MntH transportérů pomocí zeleného fluorescenčního proteinu (GFP) citlivého na pH resp. vhodné fluorescenční sondy citlivé na přítomnost daného kovu. Tyto fluorescenční techniky budou použity ke studiu potenciálních vazebných míst v bakteriálních MntH transportérech, ke zkoumání možných evolučních změn rodiny proteinů Nramp a porovnání fylogenetických skupin MntH transportérů z hlediska jejich funkce.

  • Vliv povrchových struktur mikrobiálních buněk na odezvu fluorescenčních sond: buněčná stěna kvasinek jako modelový systém

    Grantová agentura: GAČR
    Identifikační číslo grantu: GAČR GA202/00/D112
    Hlavní řešitel: RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D.

    Annotace grantu

    Vývoj nových metod k měření membránového potenciálu je bezesporu velmi důležitý, protože membránový potenciál vypovídá nejen o stavu samotné plazmatické membrány, ale i o dalších procesech svázaných s transportem přes ni.